朱巴機場是南蘇丹國內最繁忙及設施最完善的機場，可以起降200座以下的飛機，並且有多條固定國際航線連接坎帕拉、內羅畢、開羅、亞的斯亞貝巴及喀土穆。其它地方機場的跑道仍以泥地為主。分散在各州重要城市的小型機場有12個。去往境內各州一般需經朱巴轉機。