聖多美設有港口和機場，有通往利伯維爾、羅安達、里斯本、安特衛普等港口的海上航線，主要由葡萄牙和荷蘭船運公司經營。葡萄牙、安哥拉、加彭、南非和奈及利亞等國航空公司均有飛往聖多美的航班。北京有經葡萄牙和衣索比亞轉機前往聖多美的航班。