嵊泗列島上有李柱山、小菜園兩個碼頭：李柱山碼頭用於運輸外縣旅客的輪船航運，小菜園碼頭用於縣內島嶼的輪船航運。上海南浦大橋旅遊集散中心有發往蘆潮港和小洋山港到嵊泗的車、船聯票，船抵達嵊泗李柱山碼頭。寧波鎮海客運中心也有發往嵊泗列島的輪船。定海三江碼頭也有發往嵊泗列島的輪船。小菜園碼頭一般發開往嵊山、枸杞島的船，途經嵊山島、花鳥島、東西綠華島等。